บัณฑิตวิทยาลัย มหาวิทยาลัยหัวเฉียวเฉลิมพระเกียรติ ดำเนินการสอนหลักสูตรปริญญาโท 15 สาขาวิชา และหลักสูตรประกาศนียบัตร 1 สาขาวิชา ดังนี้
- หลักสูตรสังคมสงเคราะห์ศาสตรมหาบัณฑิต (M.S.W.)
  • สาขาวิชาบูรณาการนโยบายสวัสดิการสังคม
- หลักสูตรบริหารธุรกิจมหาบัณฑิต (M.B.A.)
- หลักสูตรการจัดการมหาบัณฑิต (M.M.)
  • สาขาวิชาการจัดการอุตสาหกรรม
- หลักสูตรศิลปศาสตรมหาบัณฑิต (M.A.)
  • สาขาวิชาวรรณคดีจีนสมัยใหม่และร่วมสมัย
  • สาขาวิชาการสื่อสารภาษาไทยเป็นภาษาที่สอง
  • สาขาวิชาภาษาอังกฤษระดับสูงเพื่อการสื่อสาร
  • สาขาวิชาการสอนภาษาจีน
  • สาขาวิชาภาษาจีนเพื่อการสื่อสารเชิงธุรกิจ
- หลักสูตรพยาบาลศาสตรมหาบัณฑิต (M.N.S.)
  • สาขาวิชาการพยาบาลเวชปฏิบัติชุมชน
  • สาขาวิชาการพยาบาลผู้ใหญ่
- หลักสูตรเภสัชศาสตรมหาบัณฑิต (M.Pharm.)
  • สาขาวิชาเทคโนโลยีเภสัชกรรม
- หลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต (M.S.)
  • สาขาวิชาวิทยาศาสตร์เครื่องสำอาง
  • สาขาวิชาการจัดการสิ่งแวดล้อมและความปลอดภัย
- หลักสูตรนิเทศศาสตรมหาบัณฑิต (M.Com.Arts)
  • สาขาวิชาการสื่อสารสุขภาพ
- หลักสูตรประกาศนียบัตรบัณฑิต (Grad.Dip.)
  • สาขาวิชาการสื่อสารสุขภาพ

ซึ่งจัดให้มีการเรียนการสอนในวันเสาร์ - วันอาทิตย์ และวันธรรมดา (บางวัน) ภาคค่ำ โดยเชิญคณาจารย์ผู้ทรงคุณวุฒิและมากด้วยประสบการณ์เป็นผู้ดำเนินการสอน